Le Congrès est l’autorité suprême de la CES. Il se réunit tous les quatre ans, la dernière réunion s’est tenue à Séville en 2007. Le Congrès de la CES se compose de délégués des affiliés proportionnellement à leur nombre d’adhérents. Le Congrès élit les membres du Comité éxécutif, le Président, le Secrétaire Général, deux secrétaires généraux adjoints, ainsi que quatre secrétaires confédéraux . La Secrétaire générale Bernadette Ségol est la responsable et la porte-parole de la Confédération. Le Président Ignacio Fernández Toxo (CC OO - Spain) préside les organes directeurs de la CES.

Le Comité exécutif se réunit quatre fois par an. Il se compose de représentants d’organisations affiliées proportionnellement à leur nombre d’adhérents. Si nécessaire, des décisions peuvent être adoptées par un vote à la majorité qualifiée des deux tiers. Il revient au Comité exécutif de décider du mandat et de la composition des délégations qui négocient avec les organisations patronales européennes au sein du dialogue social européen, et d’évaluer les résultats.

Le Comité de direction, organe plus restreint, est chargé d’assurer le suivi des décisions adoptées par le Comité exécutif entre ses sessions. Il se réunit huit fois par an et se compose de 21 membres élus du Comité exécutif.

Statuts de la CES modifiés par le 12ème congrès statutaire, à Athènes, en mai 2011.