La raison d’être de la CES est d’agir au nom de ses affiliés nationaux et sectoriels au niveau européen. Par conséquent, l’ensemble de ses décisions et politiques est approuvé par le biais d’une structure démocratique composée de représentants élus. Le Congrès constitue l’organe de décision général. Les délégués représentant chaque affilié - leur nombre varie en fonction du nombre d’adhérents - se rencontrent tous les quatre ans en vue de discuter et de décider des futures orientations à adopter par la Confédération. Il élit le secrétaire général, le président et le comité exécutif, qui sont chargés de mener les politiques à bonne fin entre les différents Congrès. Le comité exécutif se réunit quatre fois par an. Si cela s’avère nécessaire, il peut prendre des décisions moyennant un vote à la majorité qualifiée des deux tiers. Le comité de direction est plus réduit et il compte 21 membres élus au sein du comité exécutif. Il se réunit plus fréquemment (huit fois par an) afin de mettre les décisions du comité exécutif en oeuvre et d’assurer leur suivi. En outre, le Congrès élit les membres du secrétariat, qui est basé à Bruxelles et gère les activités quotidiennes de la CES. En résumé, la CES dispose d’une structure totalement démocratique et elle agit suivant les souhaits de l’ensemble des membres syndicaux.